万方论文查重免费版与付费版的最大区别在于功能和准确性。免费版通常功能较为简单，查重准确度不如付费版高。付费版则提供更多高级功能，如查重深度、查重速度等，准确性更高。此外，付费版通常支持更多文献类型的查重，适用范围更广。因此，如果对查重准确性有较高要求，建议选择付费版。

除了功能和准确性外，万方论文查重免费版与付费版在服务和支持方面也有所不同。付费版通常拥有更完善的售后服务和技术支持，能够及时解决用户在使用过程中遇到的问题。同时，付费版还可能提供定制化的服务，满足用户个性化的需求。而免费版在这些方面可能会受到一定的限制。因此，如果需要更专业的服务和支持，付费版会是更好的选择。